Questões de Concurso Público INCA 2010 para Tecnologista Júnior – Bioinformática
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O alinhamento múltiplo de sequências é bastante utilizado para obtenção das estruturas terciárias das proteínas que compõem o mesmo.
Os métodos progressivos de alinhamento múltiplo de n sequências possibilitam calcular, na última fase, o alinhamento de todos os possíveis pares de sequências.
O formato de sequências FASTA obedece a um padrão que é definido por uma linha que se inicia pelo símbolo >, que determina uma definição curta sobre a sequência.
O sequenciamento genômico estrutural de célula extraída de câncer utiliza bibliotecas de cDNA, submetidas a processo de shot gun.
O formato FASTA de sequências nucleotídicas é sempre mostrado em letras minúsculas.
O método SAGE provê uma análise quantitativa da expressão gênica, com a vantagem de conseguir detectar transcritos desconhecidos em uma hiperplasia.
A matriz de penalidade BLOSUM62 considera os blocos de sequência com, no máximo, 62% de identidade.
O programa BLASTp permite a comparação de uma sequência de aminoácidos com todas as proteínas de cada sequência de aminoácido possível, calculada a partir de cada sequência de nucleotídeos depositada no banco, nos 6 quadros de leitura, além das sequências depositadas diretamente como string (sequência) de aminoácidos.
Tendo o texto apresentado acima apenas como referência inicial, julgue os itens subsequentes.
Em um experimento de microarranjo, as imagens constituem os dados da análise de expressão gênica, sendo diretamente obtidas no processo de endereçamento das regiões, sem a influência dos spots.
No pirossequenciamento, ocorre a amplificação do DNA por PCR em emulsão, e a incorporação de cada nucleotídeo acarreta a liberação de pirofosfato.
O sequenciador Illumina utiliza a técnica de sequenciamento por síntese, em que um nucleotídeo é incorporado por vez, em uma reação catalizada pelo DNA polimerase fixada em uma nanoesfera.
O formato padrão dos arquivos produzidos pelo sequenciador SOLID foi nomeado Standard Flowgram File (SFF) e pode conter dados de uma ou várias sequências.
A partir de um genoma de referência, pode-se mapear as sequências produzidas pelas novas tecnologias de sequenciamento e agrupá-las conforme sua posição relativa, e, a partir desse mapeamento, identificar polimorfismos responsáveis pela manifestação de doenças como o câncer.
De modo geral, os passos para a análise de microarranjos são: preparação, aquisição, processamento, análise da imagem, quantificação e normalização e, finalmente, a identificação dos genes diferencialmente expressos.
O desenho experimental de um microarranjo permite a identificação de genes diferencialmente expressos e o desenvolvimento de novas ferramentas de diagnóstico.
A técnica de microarranjo permite a detecção de centenas e milhares de alterações em genes codificadores de proteínas e anormalidades em genes não codificadores.
A análise não supervisionada define classes de tumores por meio do agrupamento de genes ou espécimes, com base nas semelhanças dos perfis de expressão gênica, sem qualquer organização inicial.
Em câncer de mama, os experimentos de microarranjo têm, consistentemente, separado tumores com base na presença ou ausência da expressão do receptor de estrogênio (ER).
O método DDD (digital differential display) determina a significância da diferença de frequência de ESTs de um mesmo conjunto de bibliotecas de cDNA.
As sequências derivadas de bibliotecas de cDNA são processadas para identificar e eliminar as regiões de baixa qualidade, regiões de vetores, primers e outros contaminantes.