O uso do método da fosfatase alcalina como segunda marcação tem a vantagem de evitar a
reatividade cruzada, que pode ocorrer quando dois procedimentos de imunoperoxidase são
utilizados em conjunto.
De um modo geral, as considerações técnicas para o método peroxidase antiperoxidase
(PAP) não se aplicam ao método da fosfatase alcalina-antifosfatase (APAAP).
O método da fosfatase alcalina-antifosfatase alcalina (APAAP) tem três aplicações principais,
isto é, serve para marcar tecidos com altos níveis de peroxidase endógena, para dupla
imunomarcação aliada à peroxidase e para imunomarcação de tipos celulares específicos
que se beneficiam da cor vermelha resultante da atividade enzimática sobre o substrato.