Está inteiramente correta a transposição para a voz passiva ...

Alternativa E

Reembolsei todas as custas do processo pelo fato de a vítima não ter condições de fazê-lo.

Sujeito da Ativa: Eu (sujeito oculto);

Verbo da ativa: reembolsei

O. D: todas as custas do processo
 
Pelo fato de a vítima não ter condições de fazê-lo, todas as custas do processo foram reembolsadas por mim.

Sujeito da Passiva: Todas as custas dos processos;

Locução Verbal (passiva analítica): foram reembolsadas;

Agente da Passiva: por mim -> Veja que “por mim” completou o sentido do verbo “reembolsado”, caracterizando-o como o agente da passiva, ou seja, o que praticou a ação.

Detalhe: Verbo da ativa e verbo auxiliar da passiva precisam estar no mesmo modo/tempo verbal.

Reembolsei: pretérito perfeito – Foram: pretérito perfeito.

Comentando as questões erradas

A) A Aeronáutica cedeu o terreno onde funcionará o edifício do Ministério Público Militar no Rio de Janeiro. / O edifício do Ministério Público Militar no Rio de Janeiro funcionará no terreno que será cedido pela Aeronáutica.

Reparem no tempo verbal da primeira oração: cedeu. Na segunda oração: será.
O verbo auxiliar da voz passiva tem que estar no mesmo tempo/modo verbal do verbo da voz ativa.
Então vejamos -> Cedeu: Pretérito Perfeito do Indicativo. Será: Futuro do Indicativo.
O correto seria o verbo auxiliar no Pretérito Perfeito do Indicativo: Foi.  
Logo o correto seria: O edifício do Ministério Público Militar no Rio de Janeiro funcionará  no terreno que foi cedido pela Aeronáutica.

b) Quando a pessoa não conhece o mérito da questão, não deve dar palpites. / Quando o mérito da questão não seja conhecido, palpites não deviam ser dados.

A mesma coisa da alternativa A. O tempo verbal da voz ativa está no presente do indicativo.
Na segunda oração o verbo auxiliar da voz passiva está no presente do subjuntivo.
Então, na segunda oração o verbo auxiliar, obrigatoriamente, tem que está, também, no presente do indicativo.
Em vez do verbo auxiliar “seja” será o verbo auxiliar “é”. O verbo auxiliar “é” está conjugado no presente do indicativo.
Logo, a questão ficaria: Quando não é conhecido o mérito da questão pela pessoa, não deve dar palpites.

C) Todos os presentes perceberão a disposição errada das testemunhas no julgamento. / A disposição errada das testemunhas no julgamento pôde ser percebida por todos os presentes.

Perceberão: Futuro do Indicativo. Ser: Infinitivo Pessoal. O verbo auxiliar precisa estar no futuro do indicativo: será.
Logo, ficaria: A disposição errada das testemunhas no julgamento será percebida por todos os presentes.

D) Alguém arquivou os processos, sem perceber os erros de digitação./ Arquivaram-se os processos, sem que se percebessem os erros de digitação.

A mesma coisa das alternativas anteriores.
O correto seria: Os processos foram arquivados por alguém, sem perceber os erros de digitação.
Arquivou: Pretérito Perfeito / Foram: Pretérito Perfeito

Lembrando que a voz passiva analítica é formada pelo verbo ser ou estar mais o particípio do verbo principal.

E o verbo fazer na letra E? Não precisaria ser transposto também?

Rafael, não tem. Pois veja bem, identifique sempre na frase o sujeito da passiva ou da ativa e mexa com ele. Olha a letra E, quem é o sujeito da ativa e o verbo da ativa? O pronome Eu e o verbo reembolsei. É com eles que você precisa trabalhar.

Pelo que vejo da maioria massacrante destas questões, basta-nos que tenhamos um conhecimento de modos e tempos verbais para solucioná-las. Veja:

A) ERRADA, pois, os tempos verbais estão diferentes.

A Aeronáutica cedeu o terreno onde funcionará o edifício do Ministério Público Militar no Rio de Janeiro. --> Pretérito Perfeito do Indicativo

O edifício do Ministério Público Militar no Rio de Janeiro funcionará no terreno que será cedido pela Aeronáutica. --> Futuro do Presente do Indicativo

O edifício do Ministério Público Militar no Rio de Janeiro funcionará no terreno que foi cedido pela Aeronáutica. --> Pretérito Perfeito do Indicativo

B) ERRADA, pelo mesmo motivo da alternativa anterior.

Quando a pessoa não conhece o mérito da questão, não deve dar palpites. --> Presente do Indicativo / Negação do Imperativo

Quando o mérito da questão não seja conhecido, palpites não deviam ser dados. --> Presente do Subjuntivo / Negação do Imperativo

Quando o mérito da questão não é conhecido, palpites não deviam ser dados. --> Presente do Indicativo / Negação do Imperativo

C) ERRADA, pelo mesmo motivo da alternativa anterior.

Todos os presentes perceberão a disposição errada das testemunhas no julgamento. --> Futuro do Presente do Indicativo

A disposição errada das testemunhas no julgamento pôde ser percebida por todos os presentes. --> Pretérito Perfeito do Indicativo

A disposição errada das testemunhas no julgamento será percebida por todos os presentes. --> Futuro do Presente do Indicativo

D) ERRADA, a questão pede voz passiva ANALÍTICA e NÃO SINTÉTICA.

Alguém arquivou os processos, sem perceber os erros de digitação.

Arquivaram-se os processos, sem que se percebesse os erros de digitação.

E) CORRETA, pois, os tempos e modos verbais são COMPATÍVEIS.

Reembolsei todas as custas do processo pelo fato de a vítima não ter condições de fazê-lo. --> Pretérito Perfeito do Indicativo.

Pelo fato de a vítima não ter condições de fazê-lo, todas as custas do processo foram reembolsadas por mim. --> Pretérito Perfeito do Indicativo.