Atualmente, ...... que o número de brasileiros conectados na...

Opção A:
I  - estima-se ( concorda com o sujeito oracional ) que o número... 

 Letra A
= estima-se: no singular por ser impessoal;
= tenha: concorda com o termo "o número", assim fica no singular;
= usam: concorda com "56% destes" referindo-se a "usuários ativos", assim todos os termos estão no plural e o verbo está concordando com o sujeito.

Estima-se: concorda com ( o número )
Tenha: Está ligado a um Sujeito Oracional ( oração com verbo dentro ) e todo sujeito oracional sempre será representado por um Verbo na
3° Pessoa do Singular. Tenha ultrapassado a casa dos 80 milhões
                                                                         Sujeito oracional
Usam: concorda com seu numeral, 56%.

Atualmente, ...... que o número de brasileiros conectados na internet já ...... ultrapassado a casa de 80 milhões, sendo que 72.640.000 são usuários ativos de redes sociais, e 56% destes ...... um aparelho celular para acessar a internet.

Preenchem corretamente as lacunas da frase acima, na ordem dada:
a)       estima-se - tenha - usam

Observe:
estima-se
O verbo está na voz passiva sintética, pois temos um verbo transitivo direto mais a partícula apassivadora se.
Assim, que o número de brasileiros conectados na internet já ...... ultrapassado a casa de 80 milhões é sujeito oracional.
Sujeito oracional pede verbo no singular.

tenha
O que tenha ultrapassado?
O número de brasileiros conectados na internet. 
Portanto, o núcleo do sujeito é número.
Núcleo no singular, verbo no singular.

usam
Quem usa um aparelho celular para acessar a internet?
56% destes.
56% é expressão percentual no plural e vem acompanhada de plural.
Assim, verbo no plural.

Dúvidas:

"Estima-se" permaneceu no plural por que se refere ao sujeito oracional, ou por causa da partícula apassivadora ?

O "numero de brasileiros" não pode ser uma expressão partitiva podendo admitir tanto singular quanto plural ?