Assinale a alternativa correta, de acordo com o texto.

“Bem, na era medieval, o hospital funcionava” 

Bem (interjeiição)

“Bem na era medieval, o hospital funcionava” (no momento exato)

(Oração subordinada adverbial)

Qual o erro no item d?

Creio que o termo "onde" se refere ao hospital. (singular).
 

No item "d" o certo seria "no qual", no singular, pois está se referindo ao hospital e não aos monges, as freiras nem aos doentes.

a) CORRETA. Alteraria o sentido, mas discordo da primeira colega. Para ser uma "Oração" deveria haver pelo menos um verbo. Qual o verbo em "Bem na era medieval,"?
Qualquer coisa me deixe um recado.

b) No texto,  "Por quê" significa "Por qual motivo" e deve ser separado. Está batendo em um ponto: leva acento. "Porquê" é substantivo.

c) "foi classificado" concorda com "O uso", logo não iria para o plural. E acredito também que a troca de 'poções' por 'porções' acarretaria erro também.
POÇÃO: s. f. Medicamento líquido destinado a tomar-se às colheres.
PORÇÃO: Parte de um todo; bocado.

d) O pronome relativo ONDE só pode ser substituído por "em que": "... depósito de doentes, em que monges..."