Para realizar o agrupamento de um conjunto de 4 observações ...

o algoritmo single-linkage aplicado à matriz de distância, sendo que cada iteração diminui a dimensionalidade da matriz por meio de três passos:

O primeiro passo é identificar os elementos mais similares na matriz;

O segundo é remover as linhas e colunas referentes aos elementos;

O terceiro é inserir uma nova linha e uma nova coluna formada pela menor similaridade dos elementos selecionados aos grupos remanescentes;

O processo iterativo é executado enquanto a matriz tiver dimensionalidade maior do que 1. 

fonte: livro introdução a mineração de dados

https://imgur.com/a/ctEwKv2

Primeiramente serão agrupados B e C por possuírem a menor distância de 0.5. Então usa-se a menor distância desse grupo aos outros elementos A e D:

A BC D

A [ 0.0 , 3.5 , 1.5 ]

BC [ 3.0 , 0.0 , 3.0 ]

D [ 2.0 , 2.5 , 0.0 ]

Depois são agrupados A e D por possuírem a menor distância de 1.5

AD BC

AD [ 0.0 , 2.5 ]

BC [ 3.0 , 0.0 ]