Uma desvantagem do protocolo IMAP em relação ao POP é:

O acesso à mesma caixa de e-mails por múltiplos dispositivos é mais difícil no IMAP, pois os e-mails baixados para leitura são excluídos do servidor, o que não acontece no POP.

No IMAP, quando um e-mail é movido para a lixeira em um dispositivo, a informação não é sincronizada e ele não é movido para a lixeira automaticamente em outros dispositivos que acessam a mesma caixa, ao contrário do POP.

O IMAP permite o acesso à caixa de e-mails apenas por um dispositivo, simultaneamente, enquanto o POP não tem essa limitação. 

Em geral, o espaço utilizado no servidor para armazenamento de e-mails é maior no IMAP do que no POP, pois as mensagens ficam nele armazenadas. No POP, as mensagens costumam ser baixadas por completo para o aplicativo de e-mails local e excluídas do servidor.

No IMAP, arquivos maliciosos anexados a e-mails recebidos conseguem infectar o dispositivo local mais facilmente, uma vez que as mensagens são armazenadas por completo no dispositivo local. Isso não acontece no POP.