No que se refere ao emprego das formas pronominais no texto...

Alternativa A: O referente do pronome “aqui” (linha 3) é Brasil. (ERRADA).

O gabarito preliminar deu essa questão como correta. E, realmente, o termo "aqui" refere-se a Brasil. Contudo, "aqui" é um advérbio de lugar, e não um pronome.

Justificativa da banca:

"Dado o fato de as gramáticas normativas do português não classificarem o vocábulo “aqui” como pronome, mascomo advérbio, fica anulada a questão, por não haver alternativa correta". 

FONTE: http://download.universa.org.br/upload/97/2014091292419759.pdf

Alternativa B: O pronome ela, em “Nela” (linha 3), retoma “na carne” (linha 2). (ERRADA).

"Nela" retoma "mestiçagem".

Texto:

"Um povo mestiço na carne e no espírito, já que aqui a mestiçagem jamis foi crime ou pecado. Nela (na mestiçagem) fomos feitos e ainda continuamos nos fazendo (...)".

Alternativa C: Na linha 4, o pronome “nos” exerce a função de complemento da forma verbal “continuamos”. (ERRADA).

"Nela fomos feitos e ainda continuamos nos fazendo".

Nós (sujeito) Continuamos  fazendo (Locução verbal. Verbo transitivo direto) nós mesmos (objeto direto).

O verbo principal é o verbo "fazer", que está no gerúndio. Logo, "nós mesmos" será objeto direto do verbo "fazendo", que é principal, e não do verbo "continuar", que é um verbo auxiliar.

Na locução verbal, o verbo principal aparece sempre em uma das formas nominais (gerúndio, infinitivo ou particípio). O verbo auxiliar, entretanto, aparece flexionado, pois tem a função de ampliar o significado do verbo principal. 

Alternativa D: O trecho “de si” (linha 6), que indica posse, poderia ser substituído por sua, substituindo-se “sem consciência de si” por sem sua consciência. (ERRADA).

"Essa maça de nativos oriundos da mestiçagem viveu por séculos sem consciência de si".

Reescrita da questão:

"Essa maça de nativos oriundos da mestiçagem viveu por séculos sem sua consciência".

Na reescrita, o sentido é alterado, pois entende-se que os nativos não tinham consciência. Porém, o texto não afirma isso, o texto diz que eles não tinham consciência de si, ou seja, de sua existência.

Alternativa E: A forma pronominal “-lo”, em “sê-lo” (linha 16), refere-se a “o que somos é a nova Roma” (linhas 13 e 14). (ERRADA).

"O Brasil é já a maior das nações neolatinas, pela magnitude populacional, e começa a sê-lo também por sua criatividade artística e cultural". 

... e começa a sê-lo (a maior das nações neolatinas) também por sua criatividade artística e cultural.