Por padrão, no ambiente Linux, os arquivos de configuração d...

A alternativa correta é a A - /etc/apache.

Em sistemas operacionais baseados em Unix, como o Linux, a convenção é manter arquivos de configuração global de serviços e aplicativos no diretório /etc. Isso ajuda na organização e padronização do sistema, permitindo que administradores e ferramentas saibam onde encontrar tais arquivos. O Apache HTTP Server, um dos servidores web mais populares, segue essa convenção.

Os arquivos de configuração do Apache estão geralmente localizados em /etc/apache ou em uma variação desse caminho, como /etc/apache2, dependendo da distribuição específica do Linux utilizada e da versão do Apache. Dentro dessa estrutura de diretório, você encontrará arquivos cruciais como apache2.conf ou httpd.conf, que são os arquivos principais de configuração, e diretórios adicionais como sites-available/ e sites-enabled/, que hospedam as configurações para diferentes sites hospedados pelo servidor.

As demais alternativas não correspondem à estrutura de diretórios padrão para configurações do Apache em sistemas Linux:

• /root/apache implicaria que as configurações residem no diretório home do usuário root, o que não é padrão nem recomendado.
• /ext3/apache sugere um diretório nomeado após um sistema de arquivos, o que não faz sentido para organização de arquivos de configuração.
• /config/apache e /system/apache não são diretórios padrões em sistemas Linux para arquivos de configuração de serviços.

Portanto, ao trabalhar com o Apache em um ambiente Linux, é essencial conhecer a localização e a estrutura dos arquivos de configuração para gerenciar efetivamente o servidor web.

Por padrão o Linux coloca arquivos de configuração em /etc
/root é o home do usuário root

As outras pastas não são padrão das instalações Linux

/etc – Nodiretório /etc estão os arquivos de configuração do sistema da máquina local. Nesse diretório vamos encontrar uma miscelânea de dados de configuração, tais como: scripts de inicialização do sistema em seus vários níveis, tabela do filesystem, configuração da inicialização do sistema para cada nível, configuração default para todos os logins, e um número considerável de arquivos para configuração de rede e outros aspectos do sistema, incluindo a parte gráfica.

fonte: Comentário de Diego e Carol da questão 57373

Fonte bacana sobre o assunto: 

http://www.guiafoca.org/cgs/guia/avancado/ch-s-apache.html

Diretório /etc contém arquivos de configuração do sistema e programas.