Os recursos federais, depois de sua transferência a estados ...

Nas provas do CESPE, devemos tomar muito cuidado com:

exclusivamente, aos respectivos tribunais ou conselhos de contas, em consonância com o princípio da autonomia dos entes federados.

Acho que existem dois erros na questão.

Os recursos federais, depois de sua transferência a estados e municípios mediante convênios, sujeitam-se à prestação de contas perante o órgão detentor da dotação originária e, no âmbito do controle externo, submetem-se, exclusivamente, aos respectivos tribunais ou conselhos de contas, em consonância com o princípio da autonomia dos entes federados.

1º A legislação é explícita!
Parágrafo único. Prestará contas qualquer pessoa física ou jurídica, pública ou privada, que utilize, arrecade, guarde, gerencie ou administre dinheiros, bens e valores públicos ou pelos quais a União responda, ou que, em nome desta, assuma obrigações de natureza pecuniária

Por óbvio, ambos prestarão contas dos recursos em questão.

2º Cada recurso no seu quadrado! (Só pra descontrair.. ehehe ¬¬ besta)  Os recursos federais estão na competência do TCU e os outros recursos na competência do respectivo tribunal ou conselho. Isso, é claro, em consonância com o princípio da autonomia.
No entando, o controle interno não é feito somente pelo Tribunal. Pode ser feito pelo judiciário (controle externo da legalidade, por exemplo) ou pela população. Não é o caso mencionado na questão, mas vale lembrar. :)

TC´s são independentes e autônomos, não se subordinam entre si nem há qq. relação de hierarquia. SIM, há uma relação de complementariedade (Fonte: art.74, IV - CF-88)

Bons estudos.

CF88

Art. 71. O controle externo, a cargo do Congresso Nacional, será exercido com o auxílio do Tribunal de Contas da União, ao qual compete:

VI - fiscalizar a aplicação de quaisquer recursos repassados pela União mediante convênio, acordo, ajuste ou outros instrumentos congêneres, a Estado, ao Distrito Federal ou a Município;