Um dos principais problemas associados à estimativa filogen...

A alternativa correta é a C: utilizar modelos de evolução molecular adequados.

A questão aborda um tema crucial na biologia evolutiva e na bioinformática, que é a estimativa filogenética utilizando caracteres moleculares. O problema central é a homoplasia, onde as mesmas bases de DNA podem aparecer em duas sequências não por ancestralidade comum (homologia), mas por substituições múltiplas. Isso pode levar a uma subestimativa da distância genética, ou seja, do real número de mudanças na sequência estudada.

Para superar esse problema, modelos de evolução molecular são adequados porque consideram diferentes taxas e padrões de substituições de nucleotídeos, permitindo uma estimativa mais precisa das distâncias genéticas reais entre as sequências.

Vamos analisar as alternativas de forma detalhada:

A - utilizar a parcimônia como método de reconstrução filogenética: A parcimônia é um método que busca a árvore filogenética mais simples, com o menor número de mudanças evolutivas. No entanto, ela não corrige diretamente para substituições múltiplas de nucleotídeos, sendo inadequada para esse problema específico.

B - utilizar mais de um método de reconstrução filogenética: Embora seja uma prática recomendada para a robustez dos resultados, utilizar múltiplos métodos não resolve diretamente o problema de subestimativa de distância genética causada por substituições múltiplas.

C - utilizar modelos de evolução molecular adequados: Modelos de evolução molecular, como o modelo de Jukes-Cantor ou o modelo de Kimura, são especificamente projetados para corrigir a subestimativa de distâncias genéticas ao levar em conta as substituições múltiplas. Por isso, essa é a alternativa correta.

D - fazer estimativa dos valores de suporte dos ramos internos da árvore filogenética: Embora importante para avaliar a confiabilidade das árvores filogenéticas, essa prática não corrige o problema das substituições múltiplas.

E - estimar também os tempos de divergência: Estimar tempos de divergência pode ser relevante para entender a cronologia da evolução, mas não resolve o problema específico das substituições múltiplas.

Em resumo, ao optar pela alternativa C, estamos utilizando ferramentas que abordam diretamente o problema de substituições múltiplas e homoplasia, proporcionando uma estimativa mais precisa das distâncias genéticas reais entre sequências de DNA.