A coerência textual se constrói de muitas maneiras. Uma dela...

Quando a professora entrou, o menino já tinha posto o sapo na bolsa de seu colega e estava sentado tranquilamente no seu lugar. A mestra pegou-o em flagrante, bem no instante em que ele colocava o sapo na bolsa do colega.

Tinha posto, tempo composto. Seu verbo auxiliar está no pretérito imperfeito.
Logo o sentito total é pretérito mais que perfeito.
Equivale a "pusera".

O pretério mais que perfeito indica que uma ação foi realizada anterior a outra ação no passado.
A frase, inclusive, é bem fácil.
A professora não poderia flagrar a ação do aluno, quando ela chegou, ele estava sentado. Antes disso ele pusera o sapo na bolsa do colega.

Atentarmos à sequência temporal dos fatos na letra C:

1-Quando a professora entrou o menino já havia colocado o sapo na bolsa do colega;

2-A professora pegou o menino em flagrante na hora do ato.

Elementar! Como é que a tal professora o pegou em flagrante se no período 1 o menino consumou o ato e sentou-se antes da professora chegar na sala?

Portanto, este período está incompatível do ponto de vista temporal.