Uma das diretrizes da Política Nacional de Saúde LGBT é:

o combate a ideologia de gênero que, com a noção de igualdade de gênero e o incentivo às relações homo parentais, coloca em risco as diferenças sexuais que possuem função estruturante no desenvolvimento psíquico da criança.

adequação das políticas nacionais aos conhecimentos científicos e tecnológicos produzidos em países desenvolvidos (como EUA e França) visando à melhoria da condição de saúde da população LGBT e a uniformização dos cuidados e da prevenção para todos os indivíduos.

a inclusão da temática da orientação sexual e identidade de gênero de lésbicas, gays, bissexuais, travestis e transexuais nos processos de educação permanente desenvolvidos pelo SUS.

relativização das homofobias e demais formas de discriminação que geram a violência contra a população LGBT no âmbito do SUS, contribuindo para a adequação dessa população aos parâmetros sociais tradicionais, 

distanciamento da representação do movimento social organizado da população LGBT nos Conselhos de Saúde, Conferências e demais instâncias de participação social visando à facilitação da construção de um modelo único de atenção à saúde.