O emprego de vírgula imediatamente após o trecho "em 2014" (...

Item IncorretoNote que o emprego da vírgula conforme afirma a questão faria com que o fragmento "teremos 42 trens em operação", que também vem seguido de vírgula, ficaria isolado entre duas vírgulas. Isto acarretária uma conexão incoerente entre "2014" e "..., o que significa um trem a cada...."

Para se separar o adjunto adverbial de tempo "em 2014" do restante da oração, é necessário colocar uma vírgula antes de "em" e outra após "2014". A mera inclusão da vírgula após "2014" é incorreto gramaticalmente.

teria que ter uma vírgula antes e outra depois.

Errado.

Nesse caso, o adjunto adverbial de tempo descolado (em 2014) deveria ser isolado por virgulas:

A agência estima que em 2014 teremos 42 trens em operação - certo.

A agência estima que, em 2014, teremos 42 trens em operação - certo.

Em 2014, a agência estima que teremos 42 trens em operação - certo.

A agência estima que em 2014, teremos 42 trens em operação - errada - proposta da banca.

A luta continua !