A coleta de amostras é, provavelmente, o passo mais importa...

Convém evitar a coleta de amostras em áreas onde possa ocorrer estagnação da água e em locais próximos à margem interna das curvas, exceto para a coleta de sedimentos e organismos bentônicos

Para cursos d’água maiores, devem ser levados em consideração a existência e o grau de mistura dos lançamentos (afluentes e efluentes) no corpo receptor, tanto lateral (de uma margem à outra) como verticalmente (da superfície ao fundo)

No caso dos estudos que necessitem de informações sazonais, a amostragem deve ter continuidade e mesmo os dados obtidos no período de chuvas poderão ser englobados aos demais

Nas coletas de água bruta e sedimento, de uma forma geral, recomenda-se a coleta da água em profundidade antes da coleta de amostra superficial