No que se refere aos aspectos linguísticos, à classificação ...

Caros colegas a questão está falsa. Vejamos o motivo:

A expressão com os passar dos séculos no texto exerce a função de adjunto adverbial e está intercalada pelas vírgulas. Levando-o para o final da frase, a associação continuaria sendo preservada - até ai nenhum problema - só que retirar as vírgulas levaria a uma incorreção gramatical haja vista que as virgulas exercem um papel de explicação e retirá-las causariam um prejuízo gramatical, pois a oração deixaria de ser explicativa e passaria a ser restritiva.

"com o passar dos séculos" vai sair da ordem inversa para a ordem direta, sem necessidade de vírgula, apenas suprimindo as virgulas que isolavam esse termo. Não se diz nada sobre a virgula posterior que antecede o "que" no início da linha 13, que não seria alterada, mantendo a relação explicativa e não restritiva, conforme dito pelo colega, pelo menos para mim. 

Errado.

 "com o passar dos séculos" é sintaticamente um adjunto adverbial, e Adj. Adv. extenso deslocado deve obrigatoriamente vir entre vírgulas.

Geralmente quando o CESPE sugere uma supressão de vírgulas, é indicativo de erro.

Segundo o prof. Rodrigo Bezerra (p. 692), a vírgula serve "para  separar  orações  subordinadas  adverbiais  desenvolvidas  quando antepostas à  oração  principal  ou  intercaladas  nela". O prof. Agnaldo Martino (p. 237) e a profa. Adriana Figueiredo (p. 328) ressaltam que a vírgula é facultativa quando o adjunto adverbial deslocado é curto, simples e de fácil entendimento. Ao contrário (quando longos), devem ser necessariamente pontuados. 

"Quando os adjuntos adverbiais são de pequeno corpo (um advérbio, por exemplo), costuma-se dispensar a vírgula. A vírgula, porém, de regra quando se pretende realçá-los." (CUNHA, 1985). Ou seja, tudo depende do ritmo da frase.

Assim sendo, as vírgulas são, sob meu ponto de vista, obrigatórias. Mas realmente há também este outro erro apontado por vc. Muito bem notado.

Embora a evolução dos tempos tenha levado à substituição do ouro e da prata por metais menos raros ou suas ligas, preservou-se, com o passar dos séculos, a associação dos atributos de beleza e expressão cultural ao valor monetário das moedas, que quase sempre, na atualidade, apresentam figuras representativas da história, da cultura, das riquezas e do poder das sociedades. (original)

Embora a evolução dos tempos tenha levado à substituição do ouro e da prata por metais menos raros ou suas ligas, preservou-se a associação dos atributos de beleza e expressão cultural ao valor monetário das moedas, com o passar dos séculos, que quase sempre, na atualidade, apresentam figuras representativas da história, da cultura, das riquezas e do poder das sociedades. (mudança sugerida pelo examinador - forma correta).

 Observe que a "com o passar dos séculos" é uma oração intercalada e deve ser separada entre vírgulas.

Na minha opinião "com o passar do tempo" é uma locução adverbial e a vírgula é facultativa, porém a vírgula entre "moeda" e "quase sempre" é obrigatória. Como a questão falou em suprimir as vírgulas que a isolam, deixa a questão errada, porque seria necessária a vírgula no final da locução.