Depreende-se do 3o parágrafo que

Notem , esse trecho entrega:

Há um abismo entre o espírito e o coração.

O espírito (a razão), vexado (envergonhado) daquele pensamento, arrepiou o caminho, buscou outro assunto, uma canoa que ia passando.

BUSCOU OUTRO ASSUNTO = BUSCOU SE AFASTAR DO SENTIMENTO.

Creio que só dê pra perceber o sentido com a leitura também do parágrafo anterior.

  – Vejam como Deus escreve direito por linhas tortas, pensa ele. Se mana Piedade tem casado com Quincas Borba, apenas me daria uma esperança colateral. Não casou; ambos morreram, e aqui está tudo comigo; de modo que o que parecia uma desgraça...

  Que abismo que há entre o espírito e o coração! O espírito do ex-professor, vexado daquele pensamento, arrepiou caminho, buscou outro assunto, uma canoa que ia passando; o coração, porém, deixou-se estar a bater de alegria. Que lhe importa a canoa nem o canoeiro, que os olhos de Rubião acompanham, arregalados? Ele, coração, vai dizendo que, uma vez que a mana Piedade tinha de morrer, foi bom que não casasse; podia vir um filho ou uma filha... – Bonita canoa! – Antes assim! – Como obedece bem aos remos do homem! – O certo é que eles estão no Céu!

Espírito: “vexado daquele sentimento, arrepiou caminho”, ou seja, ficou constrangido e buscou se afastar.

Coração: “porém, deixou estar a bater de alegria”, ou seja, continuou feliz, apesar de o espírito ter se constrangido.