Por serem dotados de autonomia própria, os municípios aprese...

Encontrei a resposta da questão em uma ADI, no site do STF:

"O poder constituinte dos Estados-membros está limitado pelos princípios da Constituição da República, que lhes assegura autonomia com condicionantes, entre as quais se tem o respeito à organização autônoma dos Municípios, também assegurada constitucionalmente. O art. 30, I, da Constituição da República outorga aos Municípios a atribuição de legislar sobre assuntos de interesse local. A vocação sucessória dos cargos de prefeito e vice-prefeito põe-se no âmbito da autonomia política local, em caso de dupla vacância. Ao disciplinar matéria, cuja competência é exclusiva dos Municípios, o art. 75, § 2º, da Constituição de Goiás fere a autonomia desses entes, mitigando-lhes a capacidade de auto-organização e de autogoverno e limitando a sua autonomia política assegurada pela Constituição brasileira. Ação Direta de Inconstitucionalidade julgada procedente." (ADI 3.549, Rel. Min. Cármen Lúcia, julgamento em 17-9-2007, Plenário, DJ de 31-10-2007.)

Sobre a questão recomendo a leitura da ADI 3459, bastante esclarecedora. 

A ADI em questão assevera os interesses locais dos municípios e ligando esse interesse local com a autonomia que devem possuir os municípios, como qualquer outro ente federado, julga inconstitucional um dispositivo da Constituição Estadual de Goiás que usurpava dos municípios essa competência para tratar da vocação sucessória em caso de dupla vacância.

Ora, se os municípios são entes federados como quaisquer outros, se tem autonomia e se não deve subordinação a qualquer outro ente federado é óbvio que deve possuir a capacidade de legislar acerca de sua própria vocação sucessória, sob pena de haver intervenção de outros entes em assuntos de interesse eminentemente local. A partir disso o STF decide que, sim, é de competência dos municípios tratar da vocação sucessória em caso de dupla vacãncia.