A capital ainda concentra o maior número de habitantes: 50%...

A capital ainda concentra o maior número de habitantes: 50% do total. A população indígena acreana, atualmente estimada em 9.300 pessoas, CONSTITUI 1,4% da população do estado do Acre.

A capital ainda concentra o maior número de habitantes: 50% do total. A população indígena acreana, atualmente estimada em 9.300 pessoas, constituem 1,4% da população do estado do Acre.

o correto é constitui.

o "atualmente estimada em 9300 pessoas" é um aposto explicativo e não poderia haver concordância com o verbo pois está separado por vírgulas.

pertencelemos!

O verbo deve ficar no singular, pois o núcleo do sujeito é "população".

Concordância verbal: 

→ Quando o sujeito é formado por uma expressão que indica porcentagem seguida de substantivo, o verbo deve concordar com o substantivo.

25% do orçamento do país será destinado à Educação. 

85% dos entrevistados não aprovam o administração do prefeito.

1% do eleitorado aceita a mudança. 

1% dos alunos faltaram à prova.

→ Quando a expressão que indica porcentagem não é seguida de substantivo o verbo deve concordar com o número

 25% querem a mudança. 

 1% conhece o assunto.

→ Se o numero percentual estiver determinado por artigo ou pronome adjetivo, a concordância far-se-á com eles: 

 Os 30% do produção de soja serão exportados.

 Esses 2% da prova serão questionados.

A população indígena acreana CONSTITUI. Quem constitui? A POPULAÇÃO. Você pode ter ficado em dúvida também se 9300 pessoas CONSTITUEM... bem... essa dúvida é sanada quando analisamos o fato da vírgula NÃO PODER SEPARAR SUJEITO DO SEU PREDICADO, então, não poderia, mesmo sem interpretar o texto, ser 9300 pessoas o sujeito para o verbo constituir ir para o plural.