De acordo com o Decreto nº 7.661, de 28 de dezembro de 2011...

o órgão de orientação superior da EBSERH é o Conselho de Administração, composto por nove membros, nomeados pelo Ministro de Estado da Educação.

a EBSERH será administrada por uma Diretoria Executiva, composta pelo Presidente e até seis Diretores, todos nomeados e destituíveis, a qualquer tempo, pelo Presidente da República, por indicação do Ministro de Estado da Educação.

o Conselho Fiscal, como órgão permanente da EBSERH, compõe-se de três membros efetivos e respectivos suplentes, nomeados pelo Ministro de Estado da Educação.

conselho Consultivo é órgão permanente da EBSERH que tem as finalidades de consulta, controle social e apoio à Diretoria Executiva e ao Conselho de Administração.

a estrutura organizacional da EBSERH e a respectiva distribuição de competências serão estabelecidas pela Diretoria Executiva, mediante proposta do Conselho Fiscal.