Entre os objetivos da auditoria analítica, encontra-se:

O aprofundamento da análise dos resultados da atenção à saúde, utilizando-se de indicadores de morbimortalidade.

A apuração de denúncias, provindas de usuários, profissionais de saúde e gestores.

A instauração de sindicâncias para apurações de responsáveis.

A autorização prévia de AIHs.

O controle da utilização de próteses, órteses e outros procedimentos especiais.