Se for comprovado pelo Tribunal de Contas da União (TCU) que...

Conforme art. 71, CF/88, - “O controle externo, a cargo do Congresso Nacional, será exercido com o auxílio do Tribunal de Contas da União, ao qual compete: IX - assinar prazo para que o órgão ou entidade adote as providências necessárias ao exato cumprimento da lei, se verificada ilegalidade”.

Trata-se de competência, portanto, prevista na Constituição. A assertiva está certa.

 CERTO.
CF. Art. 71, IX O controle externo, a cargo do Congresso Nacional, será exercido com o auxílio do Tribunal de Contas da União, ao qual compete: IX - assinar prazo para que o órgão ou entidade adote as providências necessárias ao exato cumprimento da lei, se verificada ilegalidade;

Alguém pode me explicar o porquê de não ser competência da Justiça do Trabalho?

QUESTÃO CERTA!

Olá Walter!

Penso que a questão em si não versa sobre possível controle judicial do ato impugnado e sim sobre o controle administrativo que o Tribunal de Contas exerce sobre o Ente Público.
 
Trata-se, a meu ver, de controle legislativo auxiliado pelo Tribunal de Contas da União sobre a legalidade do ato e apenas isso.

Sistema de freios e contrapesos.

Boa sorte colega!

Prezado Walter,
Servidores de agências reguladoras, autarquias, são estatutários, logo não é competência da justiça do trabalho, esta que cuida por exemplo de celetistas (CLT) e trabalhadores avulsos.

Acredito que o erro da questão está possibilidade da alteração da jornada de trabalho interfirir na percepção dos vencimentos dos servidores. O TCU não fiscalizará qualquer alteração ou descumprimento da lei, mas somente o descumprimento do ato normativo que altere as contas do governo, para mais ou para menos. 
Logo, a ilegalidade do inciso IX, do artigo 71 é especifica, de acordo com a interpretação genética ou legislativa.