“Mas o fato é que transparência deixou de ser um processo de...

É Subordinada pois é uma oração que exerce função dentro de outra oração, relativa ao verbo ser (Mas o fato É...).
É Substantiva pois a referida oração exerce uma função que, no período simples, seria exercida por um termo que normalmente apresenta valor de substantivo.
É Predicativa pois a função efetivamente exercida pela oração é de predicativo ligado ao sujeito pelo Verbo de Ligação "É".  

Toda vez que uma oração puder ser trocada por "ISSO" (Mas o fato é ISSO...)
Ela será uma:
OSSI (isso ao contrário)
oração subordinada substantiva...
e como Predicativo do Sujeito é complemento do verbo de ligação "é"...
Oração Subordinada Substantiva predicativa...
mole!!!

Só pra acrescentar ao comentários anteriores.
É importante também prestar atenção à ordem dos termos. Se a frase fosse reescrita da seguinte forma:

"Mas é fato que transparência deixou de ser um processo de observação cristalina..."

a classificação seria diferente. A oração seria subordinada substantiva subjetiva.

Letra: A

Oração Subordinada substantiva predicativa exerce função de predicativo do sujeito em relação à oração principal. 
Vem sempre ligada a um verbo de ligação da oração principal:

Outro exemplo: Seu receio era que chovesse.

Oi gente! tudo bem? Vejam so'... fiquei muito em dvida entre o gabarito e a letra C ...
Sera que alguem poderia me explicar porque nao e' uma oracao subjetiva?
Afinal...
Mas o fato e' esse.
o sujeito dessa oracao nao e' "esse"?
ou simplesmente quando existir um verbo de ligacao eu tenho que "decorar" que a funcao sintatica de "esse" sera' sempre de predicativo mesmo que pareca um sujeito?
Sera' que alguem poderia me explicar onde esta' o sujeito dessa oracao?