Considere que a diretoria colegiada da ANS tenha indeferido,...

Art. 63. O recurso não será conhecido quando interposto:
I - fora do prazo; § 2o O não conhecimento do recurso não impede a Administração de rever de ofício o ato ilegal, desde que não ocorrida preclusão administrativa.
Ou seja, o recurso intempestivo não impede que a administração reconheça a ilegalidade do ato. No mais, acredito que não teria relação com o tema o princípio da presunção de legitimidade, o qual não impede que a própria administração anule seus atos ilegais, na lógica da súmula 473 do STF.

Art. 63. O recurso não será conhecido quando interposto:
I - fora do prazo;
 § 2^o O não conhecimento do recurso não impede a Administração de rever de ofício o ato ilegal, desde que não ocorrida preclusão administrativa.

Vale lembrar, o ato administrativo é declaração de vontade do Estado ou de quem o representa com efeitos imediatos submetido e regime de direito público. 

O recurso intempestivo é claro, não deve ser aceito. No entanto, por se tratar de matéria de ordem pública, a adm. pública se valendo do princípio da autotutela pode anular seus atos quando ilegais ou revogá-los quando inoportunos e inconvenientes.