Na espondilite anquilosante:

as erosões cartilaginosas centrais causadas pela proliferação de tecido de granulação subcondral são raras, e muito comuns na artrite reumatoide, dado este que ajuda no diagnóstico diferencial.

a entese, local da inserção ligamentosa no osso, é supostamente o local primário da patologia, particularmente nas lesões em torno da pelve e da coluna vertebral.

a artrite periférica se caracteriza pela ausência de hiperplasia sinovial, infiltração linfoide e de formação de “pannus”, mas o processo apresenta a formação de vilosidades exuberantes, depósitos de fibrina e úlceras, e acúmulos de plasmócitos.

a densidade mineral óssea, por razões desconhecidas, está preservada na coluna vertebral e diminuída na parte distal do fêmur, precocemente no curso da doença.

podem ocorrer lesões infiltrantes microscópicas do intestino delgado, geralmente no jejuno, poupando o íleo terminal e a válvula ileocecal e os cólons, mesmo nos pacientes sem evidências de doença inflamatória intestinal.