A Confederação dos Tamoios ocorreu no contexto

das disputas para ocupar o Brasil, envolvendo Portugal e França.

João Ramalho, amigo do governador da Capitania de São Vicente, Brás Cubas, se casou com uma filha da tribo dos Guaianases e havia a tradição de que quando um português casava com uma indígena, ele passava a fazer parte da tribo. Foi com essa aliança que comandaram um ataque contra os tupinambás para escravizá-los. Acabaram capturando o chefe da tribo Caiçuru que acabou morrendo por maus-tratos. Seu filho chamado Aimberê assumiu o comando de sua tribo, declarando, em seguida, guerra aos portugueses e aos guaianases. Aimberê se reuniu com os chefes de outras tribos tubinambás, Pindobuçu, Koakira e Cunhambembe, a fim de fortalecer a batalha. Assim, estava formada a Confederação dos Tamoios ou a Confederação dos Tamuya, cujo significado é “o mais antigo”.

Nessa mesma época, os franceses de Villegaignon estavam chegando ao Rio de Janeiro para colonizar e, para conseguir combater os portugueses, se uniram aos Cunhambembe oferecendo armas. Mas houve uma epidemia que matou inclusive o chefe da Confederação, Cunhambebe, e enfraqueceu a revolta. Aimberê, que havia se tornado chefe com a morte de Cunhambebe, deu continuidade ao conflito e conseguiu mais uma aliança com o líder Tibiriçá. Mas este acabou se mostrando fiel aos portugueses e dizimou boa parte da tribo dos guaianases. Foi somente em 1567, quando Estácio de Sá chegou, que pôs fim ao conflito com a expulsão dos franceses e dos tamoios.

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Portugueses e Franceses se uniram, cada um, a tribos indígenas diferentes que eram inimigas.

 A Guerra foi travada, de um lado, pelas facções tupinambá reunidas sob o nome “Tamoyos” e aliadas aos franceses que, estabelecidos na colônia da  a partir de , disputavam a região do Rio de Janeiro com ; do outro lado, pelos portugueses aliados aos tupiniquins, que tentavam estabelecer seu empreendimento colonial e subjugar a revolta.