João foi denunciado pela prática do crime de furto (CP, art....

Na minha opinião o Tribunal poderia, também, anular a questão, uma vez que ocorreu a mutatio libeli (art. 384 do CPP), assim, o juiz teria que permitir que o membro do MP, e também a defesa, se manifestassem acerca do novo fato antes de condenar o réu por outro crime. Houve cerceamento de defesa, portanto, afronta ao princípio da ampla defesa e do contraditório (art. 5º, LV da CF). Deste modo, caberia nulidade do processo, com base no artigo 564, IV do CPP, por afronta aos dispositivos legal e constitucional supra citados.

O caso é de mutatio libelli (art. 383, CPP) e não de emendatio libelli (Art. 384, CPP)

A questão deve ser anulada porque duas respostas poderiam ser assinaladas. Além da alternativa que consta como correta (absolver o acusado), a alternativa que admite “anular a sentença” também está correta.
Isso porque houve flagrante violação ao artigo 384, do Código de Processo Penal, que disciplina a aplicação do instituto da mutatio libelli. Não poderia o magistrado condenar por outro crime, sem antes permitir às partes (e sobretudo à defesa) se manifestar sobre as novas provas que ali surgiram.
Sem dar à defesa o direito de se manifestar, deu o magistrado ensejo à nulidade absoluta do processo, por cerceamento de defesa. Ora, trata-se de uma nulidade constitucional, haja vista que o princípio da ampla defesa encontra guarida na Constituição Federal. Assim, poderia, ou melhor, deveria o Tribunal anular o processo, em razão da lesão ao art. 5º, LV, da Constituição Federal.
Não pode servir de argumento a afirmação de que o recurso da defesa baseou-se apenas em insuficiência de provas. Ora, é sabido e consabido por todos que o princípio do tantum devolutum quantum apellatum encontra mitigação evidente quando se trata de recurso da defesa no processo penal. A doutrina e a jurisprudência admitem a aplicação da chamada reformatio in mellius, no qual o Tribunal julga matéria além do pedido da defesa, em razão do princípio do favor rei.
Doutrina e jurisprudência admitem esse entendimento. Diz Fernando Capez: “Hoje é pacífico que, como a lei só proibiu a reformatio in pejus, não há qualquer óbice em que o Tribunal julgue extra petita, desde que em favor do réu. O STJ adotou este entendimento (RE 2.804-SP, DJU, 6 ago, 1990) (Curso de Processo Penal. Saraiva, p. 714)
Eugenio Pacelli alega três motivos para justificar a aplicação da denominada reformatio in mellius (declaração do Tribunal não pleiteada em recurso, mas que favorece o réu): “Primeiro, porque reduzido a uma principiologia de natureza exclusivamente infraconstitucional, que não pode ser oposta aos princípios constitucionais aqui apontados. Segundo, porque o Estado, em uma ordem de Direito, por quaisquer de seus órgãos, e em qualquer fase ou momento processual, tem o dever da correta aplicação da lei penal, a partir do convencimento judicial nesse sentido. Terceiro, porque o próprio ordenamento permitiria a revisão do julgado em favor do acusado, em sede de habeas corpus de ofício ou até por meio de revisão criminal. Ora, se assim é, por que não o permitir desde logo?” (Curso de Processo Penal. Rio de Janeiro: Lumen Juris, p. 784).
Portanto, é evidente que o Tribunal poderia declarar a nulidade do processo, haja vista o desrespeito à norma processual penal (art. 384, CPP) e constitucional (art. 5º, LV, CF). A não alegação da nulidade em razões recursais, como vimos, não configuram óbice à declaração desta por parte do Tribunal.
 

pessoal vejo que vcs estao certos.. mas em partes... o MP não recorreu da decisão, diz a questão: transitou em julgado para o MP... então não houve cerceamento de defesa, já que poderia o MP argumentar sobre tão fato e querer o mutatium libelo

Não pode mutatio em segundo grau. É o que diz a Súmula 453 do STF.

Então, fica tudo limitado ao que está na denúncia, e é por ela que o Tribunal vai julgar. Vai julgar o mérito (absolver ou condenar). Como na instrução ficou demonstrado crime diverso daquele descrito na denúncia, é caso de absolvição (STJ, HC 45.715/MG), porque depois que esse tipo de besteira tá feita, não se conserta mais (ainda bem).