Questões de Concurso Público INCA 2010 para Tecnologista Júnior – Bioinformática
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Os métodos progressivos de alinhamento múltiplo de n sequências possibilitam calcular, na última fase, o alinhamento de todos os possíveis pares de sequências.
A análise filogenética usa geralmente o alinhamento múltiplo de sequências.
O alinhamento múltiplo de sequências pode ser local ou global
O formato de sequências FASTA obedece a um padrão que é definido por uma linha que se inicia pelo símbolo >, que determina uma definição curta sobre a sequência.
O sequenciamento genômico estrutural de célula extraída de câncer utiliza bibliotecas de cDNA, submetidas a processo de shot gun.
O formato FASTA de sequências nucleotídicas é sempre mostrado em letras minúsculas.
O método SAGE provê uma análise quantitativa da expressão gênica, com a vantagem de conseguir detectar transcritos desconhecidos em uma hiperplasia.
No resultado de alinhamento, por meio do programa BLAST, de gene associado ao câncer de mama, o e-value corresponde ao inverso da probabilidade resultante de um alinhamento que seja obtido ao acaso com uma sequência do banco de dados.
Duas sequências similares e com a mesma função são ditas homólogas e não têm ancestral comum.
A matriz de penalidade BLOSUM62 considera os blocos de sequência com, no máximo, 62% de identidade.
O programa BLASTp permite a comparação de uma sequência de aminoácidos com todas as proteínas de cada sequência de aminoácido possível, calculada a partir de cada sequência de nucleotídeos depositada no banco, nos 6 quadros de leitura, além das sequências depositadas diretamente como string (sequência) de aminoácidos.
Parálogos são genes que possuem a mesma função na mesma espécie, em consequência de fenômenos de duplicação gênica.
Ortólogos são genes que possuem funções diferentes em espécies diferentes.
Tendo o texto apresentado acima apenas como referência inicial, julgue os itens subsequentes.
A tecnologia de microarranjos baseia-se na hibridização entre as proteínas derivadas de um espécime biológico que são marcadas por fluorocromos e uma sonda de DNA de uma amostra desconhecida.
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Em um experimento de microarranjo, as imagens constituem os dados da análise de expressão gênica, sendo diretamente obtidas no processo de endereçamento das regiões, sem a influência dos spots.
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Na quantificação dos spots de um microarranjo, a intensidade é igual à diferença entre a mediana da intensidade de luz (vermelha ou verde) e a mediana da intensidade de luz do background, multiplicada pela área do círculo.
No pirossequenciamento, ocorre a amplificação do DNA por PCR em emulsão, e a incorporação de cada nucleotídeo acarreta a liberação de pirofosfato.
O sequenciador Illumina utiliza a técnica de sequenciamento por síntese, em que um nucleotídeo é incorporado por vez, em uma reação catalizada pelo DNA polimerase fixada em uma nanoesfera.
O formato padrão dos arquivos produzidos pelo sequenciador SOLID foi nomeado Standard Flowgram File (SFF) e pode conter dados de uma ou várias sequências.
A partir de um genoma de referência, pode-se mapear as sequências produzidas pelas novas tecnologias de sequenciamento e agrupá-las conforme sua posição relativa, e, a partir desse mapeamento, identificar polimorfismos responsáveis pela manifestação de doenças como o câncer.