Questões de Concurso Público INCA 2010 para Tecnologista Júnior – Bioinformática
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O sequenciador 454 produz sequências de cerca de 250 bases de comprimento, enquanto o Illumina obtém fragmentos de DNA com 45 bases, no máximo.
Anotação genômica é o processo de predição funcional de genes com base em comparações com bancos de dados.
No banco de dados de ESTs (etiquetas de sequências expressas) armazenado no GenBank, estão estocadas sequências curtas de cerca de 200 a 500 nucleotídeos e identificadas como únicas em um genoma resultante de um amplicon pela reação da polimerase em cadeia (PCR).
As bases de dados COG e KOG são bases de dados de proteínas ortólogas de organismos procariotos (COG) e eucariotos (KOG).
De modo geral, os passos para a análise de microarranjos são: preparação, aquisição, processamento, análise da imagem, quantificação e normalização e, finalmente, a identificação dos genes diferencialmente expressos.
As medidas de intensidade de fluorescência, em cada canal de cor da imagem, podem ser distorcidas durante os passos de preparação de dados. A normalização de dados desconsidera condições experimentais como as variações de intensidade e hibridização
A normalização utiliza descritores estatísticos que incluem a média, mediana, moda ou percentil da distribuição da intensidade das amostras no arranjo.
O desenho experimental de um microarranjo permite a identificação de genes diferencialmente expressos e o desenvolvimento de novas ferramentas de diagnóstico.
A técnica de microarranjo permite a detecção de centenas e milhares de alterações em genes codificadores de proteínas e anormalidades em genes não codificadores.
A análise não supervisionada define classes de tumores por meio do agrupamento de genes ou espécimes, com base nas semelhanças dos perfis de expressão gênica, sem qualquer organização inicial.
Em câncer de mama, os experimentos de microarranjo têm, consistentemente, separado tumores com base na presença ou ausência da expressão do receptor de estrogênio (ER).
O método DDD (digital differential display) determina a significância da diferença de frequência de ESTs de um mesmo conjunto de bibliotecas de cDNA.
As sequências derivadas de bibliotecas de cDNA são processadas para identificar e eliminar as regiões de baixa qualidade, regiões de vetores, primers e outros contaminantes.
No banco de dados Genbank, a subdivisão RefSeq é uma coleção curada de sequências redundantes de dados de DNA genômico, transcritos e proteínas.
Os microRNAs (miRNAs) podem estar localizados em regiões intergênicas do genoma e possuir sua própria unidade de transcrição.
Os miRNA são genes RNA que são o complemento inverso de porções de transcritos de outros genes.
Os polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPs) são o tipo de variação muito rara no genoma humano.
Na identificação de polimorfismos de nucleotídeos únicos, para entender as bases moleculares do câncer, são usadas apenas as sequências derivadas de DNA gnômico.
As aplicações de identificação de SNPs auxiliam o mapeamento genômico e estudos funcionais e farmacogenéticos.
Um banco de dados pode ser considerado uma coleção de dados inter-relacionados, projetado para suprir as necessidades de um grupo específico de aplicações e usuários.