Em relação a coisa julgada, prova criminal e restituição de ...

Acredito que a questão esteja errada. 

A hipoteca legal só recai sobre bens imóveis adquiridos de forma lícita (Noberto Avena, Curso de direito processual penal esquematizado, versão digital,  2014). 

O CPP também não se refere a que meio de defesa pode o réu pode se insurgir contra a decisão que deferir a hipoteca. 

O que os colegas acham?

Nestor Távora (9ª Edição 2014) também afirma  que a hipoteca legal recai sobre imóveis de origem lícita. Quanto ao recurso, o autor confirma o cabimento da apelação com base no art. 593, II, CPP.

Já o art. 144-A do CPP trata da alienação antrcipada: O juiz determinará a alienação antecipada para preservação do valor dos bens sempre que estiverem sujeitos a qualquer grau de deterioração ou depreciação, ou quando houver dificuldade para sua manutenção. (Incluído pela Lei nº 12.694/2012) 

Cabe Apelação porque se trata de uma decisão mista não terminativa, também chamada de interlocutória mista.

Tourinho Filho, Renato Brasileiro, Nestor Távora e Avena afirmam que a hipoteca legal recai sobre bens imóveis lícitos. 

"Daí deriva outra importante diferença entre o sequestro e a inscrição da hipoteca legal: diversamente do sequestro, que, desde que os bens sejam encontrados ou se localizem no território nacional, só pode recair sobre aqueles adquiridos pelo agente com os proventos da infração (CPP, art.125), a especialização de hipoteca legal recai sobre bens imóveis licitamente adquiridos pelo acusado, objetivando garantir que o acusado não se desfaça desses bens, inviabilizando a reparação do dano causado pelo delito" (BRASILEIRO, Renato. Manual de Processo Penal. 2a ed. Juspodivm: Salvador, 2014. p. 1099-1100).

No mesmo sentido Tourinho Filho: " Se, com proventos do crime o criminoso vier a adquirir bens móveis ou imóveis a providência cautelar a ser tomada é o sequestro. Sendo este incabível, o ofendido, seu representante legal ou herdeiros poderão, no juízo penal, requerer a especialização de hipoteca legal sobre os imóveis do réu, em qualquer fase do processo, desde que haja certeza da infração e indícios suficientes de autoria". (TOURINHO FILHO, Fernando da Costa. Manual de Processo Penal. 16a ed. Saraiva: São Paulo, 2013. p. 502.)

De acordo com Paulo Henrique Aranda Fuller, a hipoteca legal só pode ser pedida dos bens imóveis, quando houver certeza da infração e indícios suficientes de autoria, sendo que aqui não são necessários indícios de que o bem tenha sido adquirido desta ou daquela forma, bastando a certeza do crime e indícios de que o requerido seja o autor.

Art. 134. A hipoteca legal sobre os imóveis do indiciado poderá ser requerida pelo ofendido em qualquer fase do processo, desde que haja certeza da infração e indícios suficientes da autoria.

Já no sequestro basta a existência de indícios veementes da proveniência ilícita dos bens.

Art. 125. Caberá o sequestro dos bens imóveis, adquiridos pelo indiciado com os proventos da infração, ainda que já tenham sido transferidos a terceiro.

É possível esclarecer as medidas da seguinte forma: quando os bens móveis ou imóveis são produtos da infração, cabe o sequestro, quando não se tem evidência de que os bens são produtos de infração,cabe hipoteca legal quanto aos imóveis e cabe arresto se for bens móveis.  Ou seja se é ilícito caberá sequestro, se lícito ou não se sabe caberá hipoteca legal para imóveis ou arresto para bens móveis.