O médico Caio, por negligência que consistiu em não pergunta...

Essa questão pode gerar dúvidas quanto ao erro do médico: vencível ou invencível? Como médico, ele não deveria ter a responsabilidade de perguntar a paciente se a mesma estava grávida?

Certo.O médico incorreu em erro de tipo, incorrendo em falsa percepção da realidade. Trata-se de erro de tipo vencível (inescusável), porque agiu com negligência. O erro de tipo sempre exclui o dolo, mas admite a responsabilidade a título de culpa, quando for vencível. Entretanto, não existe aborto na forma culposa. Conseqüentemente, o fato é atípico. Haverá, no caso, apenas ilícito civil.

Não seria o caso de lesão corporal culposa?

Ocorre erro de tipo quando o agente pratica a conduta descrita em um tipo penal, mas desconhece um dos elementos da descrição típica.

Há duas modalidades de erro de tipo, podendo ser evitável ou inevitável.

- Erro de tipo evitável: também conhecido como vencível ou INESCUSÁVEL. Quando há esse tipo de erro, exclui-se o dolo, mas não exclui a culpa, podendo o agente responder pela forma culposa do crime, SE HOUVER. 

- Erro de tipo inevitável: também conhecido como invencível ou ESCUSÁVEL. Esse tipo de erro exclui o dolo e a culpa.

Como o aborto não admite a forma culposa, e se tratando de erro inescusável, ficará isento de pena.

Existem duas teorias da culpabilidade:

1. a estrita da culpabilidade, para a qual o erro nas descriminantes putativas constitui erro de proibição, pois a consciência da ilicitude não integra o dolo, mas a culpabilidade (se o erro for invencível, exclui a culpabilidade, mas se vencível, diminui a reprovação, punindo-se o delito doloso como culposo em atenção às melhores posturas de política criminal).

2. A teoria limitada da culpabilidade, por sua vez, adota a postura de que o erro invencível sobre elementos fáticos da descriminante putativa é erro de tipo permissivo (o agente erra sobre um elemento do tipo permissivo), mas admite a condenação por crime culposo, caso o erro seja vencível. Para essa teoria, o erro sobre o erro sobre elemento normativo da excludente da ilicitude, bem como o erro quanto a qualquer outro elemento que não seja fático, constitui erro de proibição.
http://www.uj.com.br/publicacoes/doutrinas/5713/Erro_de_Tipo_e_Erro_de_Proibicao