Está plenamente adequada a pontuação da frase:

B) Atentem-se para expressões que têm o sentido apenas de realçar o texto "de fato", "devidamente mascarados" e "aliás". Vejam como o sentido do texto permanece o mesmo sem estas expressões: "Foram inúmeras as atrocidades perpetradas em nome de interesse político e econômico por razões de ordem racial."
Portanto, põe vírgula antes e depois.

Espero ter ajudado. b) Foram, de fato, inúmeras as atrocidades perpetradas em nome de interesses políticos e econômicos, devidamente mascarados, aliás, por razões de ordem racial. correto.
1° & 2° vírgula- aposto
3° & 4° vírgula- aposto
5°vírgula- conjunção. a) Entenda-se que para se considerar a existência de uma etnia, não pode deixar de ocorrer uma auto-identificação, ou seja, uma autoconsciência de grupo social.

c) De acordo com a antropologia moderna, os grupos étnicos, devem ser considerados a partir de critérios, que incluam aspectos culturais, e fatores históricos. 
Não há vírgula separando o sujeito do verbo.

d) Mesmo as pequenas diferenças étnicas, podem acabar servindo de pretexto, para que alguns grupos se sobreponham aos outros movidos por razões políticas.
Não há vírgula separando o sujeito do verbo.
e) Não há como separar, do conceito de etnia a noção de compartilhamento cultural, pela qual, diferentes grupos humanos, tomam consciência de sua própria identidade.
Não há vírgula separando o sujeito do verbo.

bons estudos a) Errado - Entenda-se que para se considerar a existência de uma etnia, não pode deixar de ocorrer uma auto-identificação, ou seja, uma autoconsciência de ordem racial.
b) Certo
c) Errado - De acordo com a antropologia moderna, os grupos étnicos devem ser considerados a partir de critérios que incluam aspectos culturais e fatores históricos.
d) Errado - Mesmo as pequenas diferenças étnicas podem acabar servindo de pretexto para que alguns grupos se sobreponham aos outros, movidos por razões políticas.
e) Errado - Não há como separar do conceito de etnia a noção de compartilhamento cultural, pelo qual, diferentes grupos humanos tomam consciência de sua própria identidade.

A) Entenda-se que para se considerar a existência de uma etnia, não pode deixar de ocorrer uma auto-identificação, ou seja uma autoconsciência de grupo social.

Explicação: o uso dá vírgula é obrigatório entre palavras denotativas, ou seja, palavras que tem natureza explicativa, conclusiva, retificadora, ou enfáticas de modo geral, como, por exemplo, "aliás, ou seja, ou melhor, aliás, entre outras, com efeito..."

B) Foram, de fato, inúmeras as atrocidades perpetradas em nome de interesses políticos e econômicos, devidamente mascarados, aliás, por razões de ordem racial.

Correta

C) De acordo com a antropologia moderna, os grupos étnicos, devem ser considerados a partir de critérios, que incluam aspectos culturais, e fatores históricos.

Explicação: não se emprega vírgula entre sujeito e verbo, vejamos: "...os grupos étnicos devem ser..."

D) Mesmo as pequenas diferenças étnicas, podem acabar servindo de pretexto, para que alguns grupos se sobreponham aos outros movidos por razões políticas.

Explicação: não se emprega vírgula entre sujeito e verbo, vejamos: "...as pequenas diferenças étnicas podem acabar..."

E) Não há como separar, do conceito de etnia a noção de compartilhamento cultural, pela qual, diferentes grupos humanos, tomam consciência de sua própria identidade.

Explicação: não se emprega vírgula entre verbo e objeto, vejamos: "...como separar do conceito de etnia a noção..."; bem como, repito, não se emprega vírgula entre sujeito e verbo, vejamos: "...grupos humanos tomam consciência..."