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Todo e qualquer órgão da administração federal, direta ou indireta, excetuados apenas os órgãos sob supervisão direta do Presidente da República, está sujeito à supervisão do Ministro de Estado competente, que a exerce por meio da orientação, coordenação e controle das atividades dos órgãos subordinados ou vinculados ao ministério.

As agências reguladoras federais, considerada a natureza especial de seu regime jurídico – caracterizado pela ausência de tutela ou de subordinação hierárquica, autonomia funcional, decisória, administrativa e financeira – estabelecem um terceiro gênero na composição administrativa federal, não compondo a Administração Pública federal direta ou indireta. 

Conforme previsão constitucional (art. 173, § 1º, II), as empresas públicas e sociedades de economia mista federais estão sujeitas ao regime jurídico próprio das empresas privadas, razão pela qual não compõem verdadeiramente a administração federal indireta. 

A Administração Pública federal direta compreende os serviços integrados na estrutura administrativa da Presidência da República e dos Ministérios, aí incluídas as autarquias sob as quais exercem a chamada supervisão ministerial, que, por isso, também integram a administração direta.