É correto afirmar que:

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Vamos analisar a questão sobre a extinção do crédito tributário, um tema importante no Direito Tributário.

A questão pede que identifiquemos a alternativa correta sobre a extinção do crédito tributário conforme o Código Tributário Nacional (CTN).

Começaremos pelo entendimento da alternativa E, que é a correta:

E - Tendo sido pago determinado tributo e posteriormente constatado que o mesmo já estava prescrito, é possível pleitear a restituição de seu valor, diferentemente do que ocorre no direito privado.

No Direito Tributário, quando um tributo é pago após o prazo prescricional, o contribuinte pode solicitar a restituição desse valor. Isso ocorre porque o pagamento de um tributo prescrito não pode ser exigido pelo Fisco, conforme a legislação tributária, especificamente o artigo 156, inciso V do CTN, que trata da prescrição como causa de extinção do crédito tributário. Em contrapartida, no Direito Privado, a prescrição extinguível a pretensão, mas não a obrigação.

Exemplo prático: Imagine que uma pessoa pague um IPTU que já estava prescrito. Nesse caso, ela pode pedir de volta o valor pago, pois não havia obrigação ativa do Fisco para cobrar esse tributo.

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Agora, vamos entender por que as outras alternativas estão incorretas:

A - A obrigação tributária principal se extingue com o crédito tributário, mas se o crédito for extinto, a obrigação também é extinta. Portanto, a afirmação está incorreta porque contradiz a regra de que a extinção do crédito leva à extinção da obrigação.

B - No caso de consignação em pagamento, o depósito não visa apenas garantir a dívida. Ele é um meio para que o contribuinte possa efetuar o pagamento em situações de litígio, conforme o artigo 164 do CTN. Logo, a alternativa está incorreta.

C - As hipóteses de extinção do crédito tributário no CTN são taxativas, conforme o artigo 156. Portanto, a ideia de que são exemplificativas está errada.

D - O CTN, no artigo 163, permite que o contribuinte indique qual débito deseja quitar, mas o Fisco pode determinar a imputação do pagamento, respeitando a ordem legal. Assim, a afirmação de que é uma faculdade absoluta do contribuinte está incorreta.

Dica para evitar pegadinhas: Sempre verifique a legislação específica do CTN e relembre a distinção entre regras do Direito Tributário e do Direito Privado, pois as pegadinhas muitas vezes exploram essas diferenças.

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Ementa: DIREITO TRIBUTÁRIO. IPTU. DÉBITO PRESCRITO. PARCELAMENTO. RESTITUIÇÃO. PARCELAMENTO. O parcelamento não convalida crédito prescrito. REPETIÇÃO DE INDÉBITO. Aquele que recolheu tributo prescrito tem direito à repetição do indébito, já que a prescrição extingue o crédito,que se torna inexigível após ocorrida. Inteligência do art. 156, inc. V, do CTN. ÔNUS SUCUMBENCIAIS. Hipótese de redimensionamento. Reconhecido o decaimento recíproco, são imputados a ambas as partes as custas e os honorários, em proporção. APELAÇÃO DA AUTORA PARCIALMENTE PROVIDA. RECURSO DO MUNICÍPIO PREJUDICADO. (Apelação Cível Nº 70030341358, Vigésima Segunda Câmara Cível, Tribunal de Justiça do RS, Relator: Rejane Maria Dias de Castro Bins, Julgado em 29/05/2009)

A) Se extinto está o crédito tributário, extinta está a obrigação tributária. CTN, Art. 113, § 1º A obrigação principal surge com a ocorrência do fato gerador, tem por objeto o pagamento de tributo ou penalidade pecuniária e extingue-se juntamente com o crédito dela decorrente.

B) A ação de consignação em pagamento tributária, ou simplesmente ação consignatória tributária, possui natureza de ação declaratória, de modo que é pretensão do autor de que o juiz declare que o depósito ora realizado em consignação tenha, afinal, extinguido seu débito. Não é via adequada para discutir a existência ou validade da exigência tributária. Fonte: http://jus.com.br/artigos/25849/nota-sobre-a-acao-de-consignacao-em-pagamento-em-materia-tributaria#ixzz3QaL2zODP

C) As hipóteses de extinção do crédito tributário do CTN são taxativas.

D) Deverá ser respeitada a ordem disposta no Art.163. CTN. 

Art. 163. Existindo simultaneamente dois ou mais débitos vencidos do mesmo sujeito passivo para com a mesma pessoa jurídica de direito público, relativos ao mesmo ou a diferentes tributos ou provenientes de penalidade pecuniária ou juros de mora, a autoridade administrativa competente para receber o pagamento determinará a respectiva imputação, obedecidas as seguintes regras, na ordem em que enumeradas:

I - em primeiro lugar, aos débitos por obrigação própria, e em segundo lugar aos decorrentes de responsabilidade tributária;

II - primeiramente, às contribuições de melhoria, depois às taxas e por fim aos impostos;

III - na ordem crescente dos prazos de prescrição;

IV - na ordem decrescente dos montantes.

E) Já exposta pelo colega. CORRETA!

Bons estudos!

Forneço mais jurisprudência que justifica a letra E como correta:

1º 

Há que se atentar para o fato de que a prescrição, na seara tributária, estampa certa singularidade, qual seja, a de que dá azo não apenas à extinção da ação, mas do próprio crédito tributário, nos moldes do preconizado pelo art. 156, V, do CTN. Tanto é assim que, partindo-se de uma interpretação conjunta dos arts. 156, V, do CTN, que situa a prescrição como causa de extinção do crédito tributário, e 165, I, do mesmo diploma legal, ressoa inequívoco o direito do contribuinte à repetição do indébito, o qual consubstancia-se no montante pago a título de crédito fiscal inexistente, posto fulminado pela prescrição (REsp 1004747)

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2º

PROCESSUAL CIVIL E TRIBUTÁRIO. REPETIÇAO DE INDÉBITO. IPTU.PRESCRIÇAO. EXTINÇAO DO DIREITO DE AÇAO E DO CRÉDITO TRIBUTÁRIO. ART. 970 DO CÓDIGO CIVIL LEI 3.071, DE 1º DE JANEIRO DE 1916. INAPLICABILIDADE. RECURSO ESPECIAL DESPROVIDO.

1. De acordo com o disposto no art. 156, V, do Código Tributário Nacional, a prescrição extingue o próprio crédito tributário, e não apenas o direito de ação.

2. "Quem paga dívida fiscal em relação à qual já estava a ação prescrita tem direito à restituição, sem mais nem menos." (COÊLHO, Sacha Calmon Navarro. "Curso de Direito Tributário Brasileiro", 9ª ed., Rio de Janeiro: Forense, 2006, p. 837) ......(REsp 636495)

Pra mim a opção "A" está correta também. Porque a obrigação principal é constituída pelo crédito (valor do tributo) mais (e\ou) multa. Então se, por exemplo, o contribuinte ajuizar ação de restituição de indébito, a decisão favorável extingue o crédito (art.156 X) mas a obrigação pode subsistir, por exemplo se for meramente formal, como uma multa por atraso na entrega de uma declaração. 

Art. 167. A restituição total ou parcial do tributo dá lugar à restituição, na mesma proporção, dos juros de mora e das penalidades pecuniárias, salvo as referentes a infrações de caráter formal não prejudicadas pela causa da restituição.

Questão passível de anulação:

C) a taxatividade da lista de hipóteses de extinção é algo que não existe, pois já houve o surgimento de outras hipóteses como novação por exemplo. Há enorme discussão na jurisprudência e doutrina acerca do tema. E a questão não pediu com base na lei.

D) Essa hipótese não é mais aplicável, pois se destinava aos antigos pagamentos não discriminados. Atualmente, com a utilização dos documentos de arrecadação com códigos de referência próprios é impraticável a ordem de liquidação prevista na lei. Ademais, se eu chegar ao banco e perceber que só disponho de parte do valor posso sim decidir qual tributo pagar. Impensável cobrar isso. É como cobrar crime de adultério em concurso de direito penal.

E) Por fim a letra considerada correta, que exigia conhecimento de direito civil, área que nada tem a ver com o direito tributário, afinal se a segunda afirmação da assertiva estivesse incorreta invalidaria a alternativa.

Lamentável! A gente estuda pra caramba, pra ter examinadoras desse naipe!