O verbo flexionado no plural que também estaria corretamente...

São Paulo é muitas cidades em uma?? Porque a questão pediu que, fora o verbo, nenhuma outra alteração fosse feita. 

O verbo ser tem a particularidade de concordar tanto com o sujeito quanto com o predicativo. Desta forma, pode ser:

a) São Paulo é  muitas cidades em uma (concordância com o sujeito São Paulo); ou

b) São Paulo são muitas cidades em uma (concordância com o predicativo muitas cidades em uma).

Obrigada Isabela!!!

Caso haja coincidência  quanto à natureza das palavras que constituem sujeito ou predicativo,devem-se observadas as seguintes orientações:

- Coisa(sujeito) e Coisa (Predicativo)

*prevalece a forma plural

Ex: 

São Paulo são muitas cidades em uma.

Sujeito:São Paulo(coisa)

Predicativo:Muitas cidades em uma(coisa).

Se fosse pessoa e coisa ,prevalece pessoa,neste caso se o sujeito tiver no plural e for pessoa e o predicativo tiver no singular e for coisa,o primeiro prevalece sobre o segundo.

Portanto,a letra c esta correta.

O verbo ser concordará com o predicativo do sujeito:

Quando o sujeito estiver no singular e se referir a coisas, e o predicativo for um substantivo no plural.

Exemplos:

Se o sujeito indicar pessoa, o verbo concorda com esse sujeito.

Por Exemplo:

Obs.: admite-se a concordância no singular quando se deseja fazer prevalecer um elemento sobre o outro.

Por Exemplo: A vida é ilusões.

FONTE: Só Português