De acordo com a legislação vigente relacionada com o process...

Acredito que o erro da questão consiste em afirmar que órgão publico federal (representando a união) é isento do ISS cobrado por município.

Com efeito, a CF afirma que as entidades políticas (União, Estados e Municípios) possuem imunidade recíproca, ou seja, um ente não pode compelir o outro a pagar impostos. Trata-se, assim, de imunidade,  e não de isenção. Nesse sentido, a doutrina ensina: quando a CF dispensa alguém de pagar imposto, temos imunidade. Por outro lado, quando é a lei que o faz, tem se a isenção.

Lei complementar n°116,anexo, 7.04-demolição...incide ISS sobre serviços de demolição

O órgão, neste caso, é contribuinte de fato. A empresa que irá prestar o serviço é quem será o contribuinte de direito. É devido, assim, o pagamento de ISS.

O sujeito passivo do ISS é o prestador de serviço, na condição de empresa ou de profissional autônomo. No caso concreto, o sujeito passivo é a empresa contratada. Só haveria que se falar em imunidade, se a prestação de serviços fosse realizada pelo próprio Poder Público (órgão público federal), o que não ocorreu.

Nesse caso, haverá responsabilidade tributária do ente federal.

Com efeito, a LC 116/03 prevê a responsabilidade tributária (por substituição) nos casos em que pessoa jurídica, AINDA QUE IMUNE, seja tomadora de determinados serviços, tal como o de demolição (item 7.04 da Lista Anexa):

Art. 6o[...]

§ 2o Sem prejuízo do disposto no caput e no § 1o deste artigo, são responsáveis

[...] II – a pessoa jurídica, ainda que imune ou isenta, tomadora ou intermediária dos serviços descritos nos subitens 3.05, 7.02, 7.04, 7.05, 7.09, 7.10, 7.12, 7.14, 7.15, 7.16, 7.17, 7.19, 11.02, 17.05 e 17.10 da lista anexa.

Lista Anexa:

7.04 – Demolição.