Constitui norma comum e inerente ao regime jurídico das aut...

Não há subordinação entre uma autarquia e um ministério ou secretaria, mas haverá um controle finalístico de suas atividades, também chamado de tutela ou supervisão.

Porque que a letra D esta errada?    NArt. 475. Está sujeita ao duplo grau de jurisdição, não produzindo efeito senão depois de confirmada pelo tribunal, a sentenca:

I - proferida contra a União, o Estado, o Distrito Federal, o Município, e as respectivas autarquias e fundações de direito público;

Sobre a "D": Adesio, como você mesmo postou, o duplo grau não incide obrigatoriamente sobre as EPs ou SEMs. É a literalidade do dispositivo que você mesmo subscreveu.

Sobre a "A": No mais, a alterna "A" também está errada porque essa imunidade não se estende as EP e SEM que prestam atividade econômica (elas se sujeitam as mesmas regras dos particulares), tão somente em relação às que prestam serviços públicos, segundo entendimento do STF.

Alguém poderia dizer por que a alternativa D está incorreta? 

Questão merece ser anulada. A administração direta não controla a indireta, oque existe é um controle finalistico, ou supervisão ministerial.