Uma prefeitura municipal pretende construir uma ponte sobre...

essa questão deveria ter sido anulada, pois além da opção B, a opção E também está incorreto, visto que a compensação aos municípios não é o sexto instrumento, e não foi vetado 

Considero que a questão possui pontos nebulosos entre a opção A e B. Primeira consideração é que a prova da ESAF é para engenheiro. Ponto a ponto:

A)Tratando-se de um curso d’água de domínio estadual, a outorga de direito de uso deve ser solicitada pelo empreendedor ao poder público estadual responsável.

Apesar do curso d'água ser de domínio estadual. Observação deve ser feita do conflito que a união participa quando envolve a navegação:

Art. 2º São objetivos da Política Nacional de Recursos Hídricos:

II - a utilização racional e integrada dos recursos hídricos, incluindo o transporte aquaviário, com vistas ao desenvolvimento sustentável;

Art. 15. A outorga de direito de uso de recursos hídricos poderá ser suspensa parcial ou totalmente, em definitivo ou por prazo determinado, nas seguintes circunstâncias:

VI - necessidade de serem mantidas as características de navegabilidade do corpo de água.

Desconheço a legislação local, porém com possibilidade de recurso.

B) O projeto de construção da ponte não requer outorga de direito de uso, pois pontes não alteram o regime do curso d’água ou os direitos dos usos múltiplos anteriores.

Considerada pela banca a alternativa INCORRETA. No meu ponto de vista, considero a "mais errada", conforme

V - outros usos que alterem o regime, a quantidade ou a qualidade da água existente em um corpo de água.

Pontes podem sim alterar o regime do curso d'água ou prejudicar os direitos dos usos múltiplos anteriores.

Fiquei com essa dúvida também Rafael.