O emprego correto da vírgula está na alternativa:

A professora, tem muita experiência no caso mas não quer contestar as ordens da diretora.

O destino, meus amigos, prepara surpresas.

A Reforma Ortográfica, foi contestada pelos alunos, mas deve ser obedecida.

Os manifestantes, protestaram contra o projeto aprovado na Câmara de Vereadores.