Se, citado para apresentar resposta em ação de consignação e...

Art. 896 do CPC:

Art. 896. Na contestação, o réu poderá alegar que: (Redação dada pela Lei nº 8.951, de 13.12.1994)

I - não houve recusa ou mora em receber a quantia ou coisa devida;

II - foi justa a recusa;

III - o depósito não se efetuou no prazo ou no lugar do pagamento;

IV - o depósito não é integral.

Parágrafo único. No caso do inciso IV, a alegação será admissível se o réu indicar o montante que entende devido.
 

Trata-se de rol taxativo. logo, como não há a hipótese de alegação de que não há litígio, não poderá o juiz conhecer de tal argumento.

CPC, Art. 300. Compete ao réu alegar, na contestação, toda a matéria de defesa, expondo as razões de fato e de direito, com que impugna o pedido do autor e especificando as provas que pretende produzir.

CPC, Art. 301. Compete-lhe, porém, antes de discutir o mérito, alegar: (Redação dada pela Lei nº 5.925, de 1º.10.1973)
I - inexistência ou nulidade da citação; (Redação dada pela Lei nº 5.925, de 1º.10.1973)
II - incompetência absoluta; (Redação dada pela Lei nº 5.925, de 1º.10.1973)
III - inépcia da petição inicial; (Redação dada pela Lei nº 5.925, de 1º.10.1973)
IV - perempção; (Redação dada pela Lei nº 5.925, de 1º.10.1973)
V - litispendência; (Redação dada pela Lei nº 5.925, de 1º.10.1973)
Vl - coisa julgada; (Redação dada pela Lei nº 5.925, de 1º.10.1973)
VII - conexão; (Redação dada pela Lei nº 5.925, de 1º.10.1973)
Vlll - incapacidade da parte, defeito de representação ou falta de autorização; (Redação dada pela Lei nº 5.925, de 1º.10.1973)
IX - compromisso arbitral; (Redação dada pela Lei nº 5.925, de 1º.10.1973)
IX - convenção de arbitragem; (Redação dada pela Lei nº 9.307, de 23.9.1996)
X - carência de ação; (Redação dada pela Lei nº 5.925, de 1º.10.1973)
Xl - falta de caução ou de outra prestação, que a lei exige como preliminar.

Portanto, o juiz, no caso descrito, pode conhecer o primeiro fundamento, pois a falta de litigio pode configurar carência da ação ou inépcia da petição inicial.

Respostas do réu: Efetuado o depósito e citado o réu (ou apenas citado, no caso de o depósito já haver sido realizado extrajudicialmente - art. 890, § 1º), ele poderá (a) aceitá-lo e levantá-lo, (b) permanecer omisso, ou (c) ofertar resposta, consistente em contestação, exceção e/ou reconvenção (v. art. 297 do CPC). Contestando, poderá deduzir não apenas as defesas de mérito enunciadas nos incisos do art. 896: também lhe é lícito argüir, em sede preliminar, qualquer das defesas de natureza técnica indicadas no art. 301 do Código e, ainda, no que tange ao mérito, outras tantas defesas, tais como a falsidade da afirmação do autor no sen­tido de que estava em local incerto ou inacessível, ou, ainda, que fosse ignorado por ele o verdadeiro titular do cré­dito ob­jeto do depósito. Vale dizer, o artigo 896 não esgota o rol das matérias de defesa.

Fonte: http://www.clubjus.com.br/?artigos&ver=2.3235

O rol é exmplificativo.