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De acordo com a jurisprudência do Superior Tribunal de Justiça, não é inepta a denúncia que, apesar de indicar os tipos penais violados, não menciona as qualificadoras, as causas de aumento de pena e as circunstâncias agravantes do crime. No entanto, o juiz não pode reconhecer qualificadoras, causas de aumento ou de diminuição de pena sem pedido expresso da acusação ou da defesa, podendo reconhecer apenas circunstâncias agravantes ou atenuantes de ofício.

De acordo com a jurisprudência do Superior Tribunal de Justiça, o juiz só poderá dar nova tipificação ao fato narrado na denúncia (emendatio libelli) se previamente intimar as partes sobre essa possibilidade (princípio da não surpresa), assegurando-lhes o contraditório efetivo e a ampla defesa.

No tribunal do júri, durante os debates o Ministério Público não poderá, sob pena de nulidade, fazer referências à decisão de pronúncia, às decisões posteriores que julgaram admissível a acusação ou à determinação do uso de algemas como argumento de autoridade que prejudiquem o acusado. Não haverá nulidade, porém, se a defesa assim proceder (favor rei). 

De acordo com a jurisprudência do Superior Tribunal de Justiça, o direito ao silêncio é aplicável ao investigado preso ou solto, que deverá ser previamente informado dessa garantia constitucional, sob pena de nulidade do ato, podendo o réu se limitar a responder as perguntas do seu advogado.