Acerca das funções, dos princípios e dos principais document...

Errado, creio que esteja discriminado na LOA, conforme Art. 2o da Lei no 4.320/1964: “... a Lei do Orçamento conterá a discriminação da receita e despesa de forma a evidenciar a política econômica financeira e o programa de trabalho do Governo, obedecidos os princípios da unidade, universalidade e anualidade”.

No plano plurianual, devem-se discriminar os programas temáticos por esfera orçamentária (Errado)

Segundo a Lei 13.249 deve ser discriminado em 3 esferas: Fiscal, da Seguridade Social e Investimentos de Empresas Estatais.

Art. 6o  O Programa Temático é composto pelos seguintes elementos constituintes:

I - Objetivo, que expressa as escolhas de políticas públicas para o alcance dos resultados almejados pela intervenção governamental e tem como atributos:

a) Órgão Responsável: órgão cujas atribuições mais contribuem para a implementação do Objetivo ou da Meta;

b) Meta: medida do alcance do Objetivo, podendo ser de natureza quantitativa ou qualitativa; e

c) Iniciativa: declaração dos meios e mecanismos de gestão que viabilizam os Objetivos e suas Metas, explicitando a lógica da intervenção.

II - Indicador, que é uma referência que permite identificar e aferir, periodicamente, aspectos relacionados a um Programa, auxiliando a avaliação dos seus resultados.

III - Valor Global do Programa, que é a estimativa dos recursos orçamentários e extraorçamentários previstos para a consecução dos Objetivos, sendo os orçamentários segregados nas esferas Fiscal e da Seguridade Social e na esfera de Investimento das Empresas Estatais, com as respectivas categorias econômica

Depois de algumas pesquisas, acredito que o erro seja afirmar que "os programas temáticos devem ser discriminados por esfera orçamentária no PPA". É o contrário, as esferas orçamentárias devem ser discriminadas por grupos temáticos. Depois esses grupos temáticos, que são, na verdade, eixos da política pública, viram objetivos, depois em órgão responsável, metas e iniciativas. É uma questão bem técnica, não tenho dúvida que ela servirá de peneira.

vejam texto do portal do planejamento:

Os Programas Temáticos são parte integrante do Plano Plurianual 2012-2015 (Plano Mais Brasil). 

Os Programas Temáticos organizam as agendas de governo pelos temas das Políticas Públicas. Cada programa está ligado a um macrodesafio,  possui  um valor global e se desdobra em Objetivos. (Portanto, não relacionadas ao F.I.S. e, sim, a Objetivos, Metas, Iniciativas e Ações , conforme continuação do texto):

O valor global indica uma estimativa dos recursos necessários ao Programa no período do Plano (2012-2015).

Os Objetivos expressam as escolhas do governo para a implementação de determinada política pública. Possuem metas associadas e se desdobram em Iniciativas. Metas apontam compromissos que o governo deve perseguir até 2015, e podem ser quantitativas ou qualitativas. Por sua vez, as Iniciativas declaram as entregas à sociedade de bens e serviços, resultantes da coordenação de ações orçamentárias, institucionais, normativas, de pactuação entre entes federados, entre Estado e sociedade e de integração de políticas públicas.

http://www.planejamento.gov.br/acesso-a-informacao/acoes-programas/programas-tematicos

Programas temáticos: retratam no PPA a agenda de governo organizada pelos Temas das Políticas Públicas e orienta a ação governamental. Sua abrangência deve ser a necessária para representar os desafios e organizar a gestão, o monitoramento, a avaliação, as transversalidades, as multissetorialidades e a territorialidade. O programa temático se desdobra em objetivos e iniciativas.

 Objetivos: expressam o que deve ser feito, refletindo as situações a serem alteradas pela implementação de um conjunto de iniciativas, com
desdobramento no território. 

 Iniciativas: declaram as entregas à sociedade de bens e serviços, resultantes da coordenação de ações orçamentárias e outras: ações
institucionais e normativas, bem como da pactuação entre entes federados, entre Estado e sociedade e da integração de políticas públicas.