De acordo com o Código Civil, velará pelas fundações:

Art. 66 do CC - Velará pelas fundações o Ministério Público do Estado onde situadas.

§ 2o Se estenderem a atividade por mais de um Estado, caberá o encargo, em cada um deles, ao respectivo Ministério Público.

Diferentemente das associações e das sociedades, as fundações resultam da afetação de um patrimônio, que se personifica para a realização de finalidade ideal ou não econômica - art. 62 CC/02.

Adstringindo-se ao teor da questão, citem-se as seguintes regras:

Fundação atuando em 1 Estado: MPE;
Fundação atuando no DF: MPDFT;
Fundação em + 1 Estado: MPE de cada Estado.

O MPF tem obrigação de fiscalizar fundações PÚBLICAS, constituídas pela União.
Em situações justificadas, o MPF também poderá intervir, fiscalizando conjuntamente com o MPE/MPDFT. Nesse sentido enunciado 147 CJF:

147 – Art. 66: A expressão “por mais de um Estado”, contida no § 2o do art. 66, não exclui o Distrito Federal e os Territórios. A atribuição de velar pelas
fundações, prevista no art. 66 e seus parágrafos, ao MP local – isto é, dos Estados, DF e Territórios onde situadas – não exclui a necessidade de fiscalização de tais pessoas jurídicas pelo MPF, quando se tratar de fundações instituídas ou mantidas pela União, autarquia ou empresa pública federal, ou que destas recebam verbas, nos termos da Constituição, da LC n. 75/93 e da Lei de  Improbidade

O STF entendeu na ADI 2794-8 pela inconstitucionalidade do art. 66, §1º, CC (o que eu pessoalmente entendeu mais como um interpretação conforme). Nesse julgado, fixou o entendimento de que quando o DF e os territórios, no gozo de suas competências estaduais, instituirem fundações públicas de direito público, essas serão fiscalizadas pelo MPDFT. Cabendo o MPF fiscalizar as fundações criadas pela União, ainda que presentes no DF ou nos territórios. 

Atenção para a nova redação: lei 13.151/15.

Muito embora tenha havido mudanças nessa parte do CC com  redação dada pela Lei nº 13.151, de 2015.... A questão NÃO se encontra desatualizada... Podem fazê-la de boa....

Força e Fé!!!