Atenção: Para responder a questão, considere a seguinte situ...

O depósito integral do montante devido suspende a exigibilidade do crédito tributário (151, II).

Ocorre que a suspensão de exigibilidade não suspende a decadência. Então, em regra, a Fazenda deve lançar o tributo de ofício, só não pode cobrar. 

No caso do depósito do montante, no entanto, a jurisprudência entende que ocorreu verdadeiro lançamento por homologação (o contribuinte calcula o valor do tributo e substitui o pagamento antecipado pelo depósito). Nesse caso, não há necessidade de se efetuar o lançamento de ofício. (ERESP 686.479/RJ, Rel. Ministra Denise Arruda, Primeira Seção, DJ 22.9.2008)

De acordo com o art. 151 do CTN, suspendem a exigibilidade do crédito tributário:

I - moratória;

II - o depósito do seu montante integral; III - as reclamações e os recursos, nos termos das leis reguladoras do processo tributário administrativo;

IV - a concessão de medida liminar em mandado de segurança.

V a concessão de medida liminar ou de tutela antecipada, em outras espécies de ação judicial; (Incluído pela Lcp nº 104, de 10.1.2001).

VI o parcelamento.

Vale lembrar, ainda, que o disposto no artigo 151 do CTN, não dispensa o cumprimento das obrigações assessórios dependentes da obrigação principal cujo crédito seja suspenso, ou dela consequentes.

Essa passagem do livro do Ricardo Alexandre esclarece bem a questão: "Contudo, após algumas divergências entre suas duas Turmas de Direito Público, o STJ pacificou o entendimento segundo o qual, na sistemática do lançamento por homologação, realizado o depósito do montante integral pelo contribuinte, incumbe à Fazenda Pública manifestar sua concordância ou discordância com o valor depositado. Manifestada a concordância (expressa ou tacitamente), reputa-se efetuado o lançamento, não mais havendo risco de a Fazenda ver perecer (decair) seu direito de lançar. Assim, há de se concluir que, em tais hipóteses, não é necessária a realização de lançamento de ofício para prevenir a verificação da decadência (EREsp 767.328-RS, Rel. Min. Herman Benjamin, julgado em 11.04.2007)" (Direito Tributário Esquematizado. 9ª ed. 2015).

O MS e o depósito foram para suspender a exigibilidade, ou seja, entendo que não se fala mais em decadência, mas em prescrição. Já houve lançamento e execução fiscal, perceba-se: "Para suspender a exigibilidade do ISS, a empresa passou a depositar integralmente o valor do ISS incidente sobre os montantes por ela recebidos em razão da prestação dos noticiados serviços."

Se ainda não tivesse havido o lançamento, dever-se-ia lançar para evitar a decadência. Não sendo o caso, pelo que percebo.

Ante a isso, só restaria ao Município aguardar o julgamento final do mandado de segurança impetrado e o trânsito em julgado da decisão definitiva, letra B.