Em consonância com norma da Lei n. 7.347/85 (Ação Civil Públ...

Incorreta. A Lei de Santa Catarina prevê tal destinação e não veda como dispôs a assertiva.

Art. 6º Os recursos arrecadados pelo FRBL serão aplicados:

III - no custeio de honorários decorrentes da realização de perícias solicitadas pelos órgãos de execução do Ministério Público, para fins de instrução de inquéritos civis, procedimentos preparatórios ou outros instrumentos para cuja instauração esteja legalmente legitimado, ou para efeito de prova na instrução de ações civis públicas e ações penais correlatas cujo objeto seja a tutela de bens, interesses ou valores referidos no art. 2º desta Lei, desde que não possam ser executadas por órgãos oficiais do Estado de Santa Catarina com atribuição legal para realizá-las;
 

Em relação a primeira parte da questão tem-se a seguinte disposição da Lei n, 7.347/85 - ACP:

Art. 18. Nas ações de que trata esta lei, não haverá adiantamento de custas, emolumentos, honorários periciais e quaisquer outras despesas, nem condenação da associação autora, salvo comprovada má-fé, em honorários de advogado, custas e despesas processuais. Redação dada pela Lei nº 8.078, de 1990).

Penso que as leis mencionadas tratam de situações bem diferentes. A ACP trata de adiantamento de honorários quando já há uma ação.

Já a Lei Estadual n. 15.694/11 regulamenta a gestão do FRBL, na qual autoriza o custeio de perícias para a instrução de procedimentos do MP (PP, IC), para efeito de prova na instrução de ACP e ações penais ...

Não existe vedação para que esses valores sejam afetados ao pagamento de custas???

O comentário da Melissa responde a questão. Apenas para corroborar:

Para os autores da ação civil pública, a regra geral do CPC, sobre o adiantamento das custas, não se aplica. Ou seja, na ACP não haverá adiantamento de custas, emolumentos, honorários periciais e quaisquer outras despesas (LACP, art. 13; CDC, art. 87). Essa disciplina traz um lado negativo, já que ao remeter o pagamento da perícia para o final do processo, há que se encontrar um perito que concorde em financiar seu próprio trabalho e ao final, ainda ter que executar a Fazenda Pública para receber seus honorários.

Sobre os honorários periciais, houve divergência no STJ durante certo período - a 1ª Turma vinha entendedo ser devido o adiantamento dos honorários periciais mesmo na ACP, pois do contrário a efetividade do processo coletivo, pela dificuldade acima narrada, estaria prejudicada. Assim, determinava-se inclusive para o MP a incidência da Súmula 232 do STJ, que impõe à Fazenda Pública, quando parte no processo, a obrigação de antecipar os honorários do perito. A 2ª Turma tinha posicionamento contrário, isentando a parte autora de antecipar os honorários, mas que depois, se alinhou ao da 1ª Turma. Por fim, a 1ª Seção do STJ apreciou a antiga divergência entre as Turmas, e resolveu no sentido de não ser exigível, do MP, o adiantamento dos honorários periciais, na perícia por ele requerida, e tal custeio também não pode ser imposto para a outra parte.

Conclusão: O MP autor da ACP não é obrigado a antecipar os honorários periciais, imputando-se tal pagamento à Fazenda Pública respectiva, conforme analogicamente o disposto na Súmula 232 STJ.

Fonte: p. 282, Interesses Difusos e Coletivos Esquematizado.  

O tema encontra-se, atualmente, regulado no art. 285, inciso III da Lei Complementar Estadual 738, de janeiro de 2019:

Art. 285. Os recursos arrecadados pelo FRBL devem ser aplicados: (...)

III – no custeio de honorários decorrentes da realização de perícias solicitadas pelos órgãos de execução do Ministério Público, para fins de instrução de inquéritos civis, procedimentos preparatórios ou outros instrumentos para cuja instauração esteja legalmente legitimada, ou para efeito de prova na instrução de ações civis públicas e ações penais correlatas cujo objeto seja a tutela de bens, interesses ou valores referidos no art. 281 desta Lei Complementar, desde que não possam ser executadas por órgãos oficiais do Estado de Santa Catarina com atribuição legal para realizá-las;

Cumpre ressaltar que Lei Estadual n. 15.694/11, menciona no enunciado da questão, foi revogada totalmente pela LC Estadual 738/19, consoante dispõe o seu art. 297, inciso XXVI: 

Art. 297. Ficam revogadas as Leis e os dispositivos legais seguintes:(...)

XXVI – Lei nº 15.694, de 21 de dezembro de 2011;